ImageJ – en programvare for å analysere og behandle bildefilene. Programvaren er i stand til effektivt å analysere bildet og motta de detaljerte tekniske data. ImageJ støtter det meste av bildeformater, og har et sett med redigeringsverktøy. Programvaren gjør det mulig å produsere de ulike geometriske transformasjoner, skape tetthet histogrammer, gjennomføre 3D-visualisering, utføre de logiske og aritmetiske operasjoner mellom bilder, etc. ImageJ kunne samtidig arbeide med flere bilder, bruke forskjellige filtre og gjennomføre gruppebehandling av filer. ImageJ inneholder mange plagins som i stor grad utvide funksjonaliteten til programvaren.